כמו כן, בשנת 2002 נרשם הפסד מאזני של 811 מיליון שקלים. הנובע בעיקרו מהעברת תמלוגים למדינה, שרובם נקבעו בחקיקה מיוחדת, בסך כ – 860 מיליון שקלים, מהוצאות מימון בסך 77 מיליון שקלים ומהפסדי רכבת ישראל בהיקף של 215 מיליון שקלים.
מנכ"ל רשות הנמלים והרכבות, עמוס רון, הורה לבחון את המשמעויות של התוכנית הכלכלית החדשה וכן את העברת תמלוגים נוספים לממשלה בסך 300 מיליון שקלים, הצפויה בחודש יולי השנה, ולעדכן את תקציב רשות הנמלים והרכבות לשנת 2003.